Memasuki Era Bundesliga
Sesudah reunifikasi Jerman di tahun 1990, team terus tampil oke di atas lapangan, tapi hampir tidak sadarkan diri dengan cara finansial. Mereka sukses bertahan lewat saat-saat susah serta memperoleh sponsor, tapi cuma sesudah memenangi seksi mereka di tahun 1993 serta 1994 serta setiap saat tidak diterima izin untuk bermain di 2. Bundesliga sebab permasalahan keuangan mereka. Club mempunyai sikat dekat sama ketidakberhasilan keuangan di tahun 1997.
Union kembali lagi dekati 2. Bundesliga pada 1998-99 serta 1999-2000, tapi sedih. Mereka pada akhirnya sukses di tahun 2000-01, di bawah manager Bulgaria Georgi Vasilev, dengan gampang memenangi Regionalliga Nord (III) serta naik satu seksi menjadi team paling terkenal ke-2 di kota itu. Di tahun yang sama mereka tampil di final Piala Jerman dimana mereka kalah 0-2 dari FC Schalke 04, serta maju sejauh putaran ke-2 di Piala UEFA sebelum ditaklukkan team Bulgaria PFC Litex Lovech. Club tergelincir ke Regionalliga Nord (III) pada 2004-05 dan ke NOFV-Oberliga Nord (IV) pada 2005-06, tapi kembali pada permainan seksi tiga sesudah merampas gelar Oberliga. Pada 2008-09, Union jadi salah satunya club pendiri Liga 3. baru, serta juara pertamanya, amankan tempat pertama serta promo ke 2. Bundesliga pada 10 Mei. Mereka masih ada pada tingkat kedua sampai musim 2018-19, saat mereka memperoleh promo pertama mereka ke Bundesliga sesudah menaklukkan VfB Stuttgart di set play-off. Beberapa fans menggempur lapangan, tapi tidak ada yang dirugikan.
Union Berlin jadi club Bundesliga pertama dari sisa Berlin Timur serta yang ke-5 dari sisa Jerman Timur, sesudah Dynamo Dresden, Hansa Rostock, VfB Leipzig, serta Energie Cottbus. Team ini ialah yang ke enam yang memenangi promo dari 2. Bundesliga dengan menaklukkan team Bundesliga yang ada di tempat 16 dalam playoff - semenjak diawali pada musim 1981-82, yang lain ialah Bayer Uerdingen, 1. FC Saarbrücken, Stuttgarter Kickers, 1 FC Nürnberg serta Fortuna Düsseldorf. Mendekati musim kiprah Berlin di Bundesliga, club tanda-tangani Neven Subotić, [9] Anthony Ujah [10] serta Christian Gentner, [11] dan mengambil kembali lagi Marvin Friedrich, yang sudah cetak gol penentu menantang Stuttgart di play-off pada musim awalnya untuk amankan promo untuk club. [12] Gol Bundesliga yang pertama diciptakan oleh Sebastian Andersson dengan hasil seimbang 1-1 menantang Augsburg. [13] Pada 31 Agustus 2019, club mengakui kemenangan Bundesliga pertama kalinya dengan menaklukkan Borussia Dortmund 3-1 dalam laga kandang.